近日，滚球夏法刚、王衍坤老师与山东农业大学杨龙教授团队在国际期刊International Journal of Molecular Sciences上发表了题为Polyploid Genome Assembly Provides Insights into Morphological Development and Ascorbic Acid Accumulation of Sauropus androgynus的研究文章。该研究对树仔菜 (Sauropus androgynus) 进行了全基因组测序，解析了该异源多倍体的形成过程，并对其形态学发育和抗坏血酸的积累机制提供了见解。
图1 树仔菜基因组基本特征
树仔菜 (Sauropus androgynus) (2n = 4x = 52) 是叶下珠科 (Phyllanthaceae) 的一种多年生灌木，是南亚和东南亚地区最受欢迎的叶菜类蔬菜之一，具有丰富的营养和药用价值。本研究首先对树仔菜的基因组特征做了鉴定和分析，确定了2n = 52条染色体、1.5G左右的基因组大小以及异源四倍体特征 (图1)。
图2 树仔菜基因组组装特征
研究团队利用Illumina、PacBio和Hi-C测序对树仔菜进行了全基因组测序，组装得到1.55Gb的基因组，包含26条假染色体 (图2)。系统发育分析表明，叶下珠科的Phyllanthus和Sauropus两个属在29.67 Mya出现分化 (图3)。Ks分析与共线性分析显示树仔菜在约20.51Mya发生多倍化事件，并于132.95 Mya共享 γ 事件。基因功能分析表明，与韧皮部发育、木质素合成和光合作用相关途径的基因扩张，可能导致了叶下珠科内不同倍性的物种间的形态差异。此外，树仔菜的抗坏血酸含量高是由于L-半乳糖途径和再生途径相关基因的高表达所致。本研究为树仔菜提供了重要的基因组资源，有助于阐明叶下珠科物种的复杂倍性。
图3 比较基因组学与转录组学分析
山东农业大学植物保护学院杨龙教授、华南农业大学李方平博士为该论文的通讯作者，滚球体育·（中国）股份有限公司夏法刚博士、山东农业大学植物保护学院李斌硕士为论文第一作者。本研究得到了五指山市科技和工业信息化局重点项目 (WZSKJXM202002) 和山东省现代农业产业技术体系创新团队项目 (SDAIT-25-01) 的资助。
